Įgiję pradinį išsilavinimą, mokiniai pradeda mokytis pagal pagrindinio ugdymo programą, kuri trunka 6 metus. Pagrindinio ugdymo programą įgyvendina pagrindinės, profesinės mokyklos, progimnazijos, gimnazijos. Ugdymas gali vykti ir už mokyklos ribų: muziejuose, parkuose ir kt., koreguojant ugdymo procesą. Bendruosiuose ugdymo planuose, kuriais vadovaujasi mokyklos rengdamos savo planus, nustatyta, kad mokyklos mokymosi aplinka turi sudaryti galimybes mokinių aktyviam ugdymui, mokymuisi individualiai ir įvairaus dydžio grupėmis, praktinei, eksperimentinei, teorinei ir kitokiai veiklai.
Privaloma pagrindinio ugdymo programa sudaryta iš dviejų dalių: I dalis – ketverių metų, įgyvendinama 5–8 klasėse, ir II dalis – dvejų metų, įgyvendinama 9–10 (gimnazijos I–II) klasėse. Antrosios užsienio kalbos galima pradėti mokytis 5 klasėje, o 6 klasėje antroji užsienio kalba yra privaloma.
Mokiniui iki 16 metų mokytis privaloma. Privalomasis mokymasis paprastai trunka iki 10 klasės.
Baigę pagrindinio ugdymo programą ir norėdami įgyti pagrindinio ugdymo išsilavinimą, mokiniai laiko pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimą. Laikomi privalomieji lietuvių kalbos (gimtosios ir valstybinės), matematikos pagrindinio ugdymo pasiekimų patikrinimai.
Įgiję pagrindinį išsilavinimą, toliau paaugliai gali mokytis pagal vidurinio ugdymo arba profesinio mokymo programą.